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とりあえずフェーズ2に進行できるように戦争(プレイヤー経験値も入るのでそれも兼ねて)に参加しつつ、プレイヤーLv20を目指す(フェーズ2の惑星の、2段階目のコロニーを確保するためにはプレイヤーLvが20以上必要)。
コロニーには2段階目のエリアを選べば、当分はどうにかなる。

戦艦の開発やプラント建設とかで必要な資源を貯めるためには、最低でも丸一日(生産力次第ではさらに数日)放置する必要あり。資源はミッション達成でももらえるけど、正直焼け石に水な上に、それらをある程度こなしてしまうと(資源不足で)やることがなくなる。
プレイヤーLv15以上になって、ある程度広いコロニーを得られれば高い生産力を持つプラントを建設できるので、とりあえずそちらを(食料の生産力に気をつけつつ)優先的に建てること。

資源生産プラントに関しては『食料>食料以外』という優先順位の方が結果的には無難(戦艦の開発とかで、他の資源よりも使うので)。
課金できるor無課金でも施設をぶっ壊しもかまわないのであれば、コロニー(本星以外)を四つ持てるようになった時点で特化型(コロニー一つに特定の資源を生産する施設を集中配置)にすると無難。ブースター装置も建設すればなおよし。
無課金で、壊すのがもったいないと思う場合はバランス型を推奨。